R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

Spearman-Kärber -menetelmä LD50:n laskemiseksi

Toksisuuskokeilla voidaan pyrkiä määrittämään esimerkiksi jonkin yhdisteen pitoisuus, jolla 50% sitä saaneista koe-eliöistä menehtyy. Tätä pitoisuutta kutsutaan LD50:ksi (lethal dose). LD50:n määrittämiseen koko joukko erilaisia menetelmiä, kuten probit-menetelmä.

Probit-menetelmä voidaan toteuttaa R:ssä käyttäen yleistettyä lineaarista mallia. R:stä ei kuitenkaan tunnu löytyvän toteutusta Spearmanin ja Kärberin menetelmälle, joka ei tee suuria oletuksia annosvastekäyrän muodosta. Niinpä toteutin sellaisen itse. Funktio on julkaistu LGPL-lisenssillä.

Oheinen koodiesimerkki valaisee funktion käyttöä.

source("http://koti.mbnet.fi/tuimala/tiedostot/karber.R")
# Annokset
dose<-c(1.1,2.3,4.5,8.8,17.1)
# Kuolleiden eliöiden määrät kullakin annoksella
responders<-c(1,5,4,2,7)
# Eloon jääneiden eliöiden määrät kullakin annoksella
nonresponders<-c(9,5,5,8,3)
# Funktiokutsu
karber(dose, responders, nonresponders)

Koodi tulostaa LD50-arvon, sekä sen varianssin ja luottamusvälin, jos sellaiset voidaan aineistosta luotettavasti arvioida:

Trimming is needed, turning it on, if not on already.

Variance cannot be estimated, since the doses are not equally spaced. 
No confidence interval will be returned either.

      ld50
1 2.234331


Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *