R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

Sweaven käyttö

Käytän kohtalaisen runsaasti Sweavea tuottamaan toistettavaa tilastollista analyysia. Etuna on se, että Sweave upottaa R-koodin ja tulostuksen suoraan Latex-dokumenttiin. Tämän jälkeen Latex-dokumentin voi kääntää pdf:ksi ja julkaisu on valmis. Jos analyysia tai lähtöaineistoa tarvitsee muuttaa, ei muuta kun muutokset koodin ja parin napin painallusta ja pdf-tiedosto on päivitetty. Tämä nopeuttaa julkaisukelpoisten dokumenttien tuottamista todella paljon (copy-paste Wordiin etc. vähenee huomattavasti).

Ongelmana on ollut, että Sweave-funktio R:ssa tuottaa .tex-dokumenttiin lauseen

\usepackage{Sweave}

mutta ajaessa pdflatex (käytän Macilla Aquamacsia) ilmoittaaa, että tyylitiedostoa Sweave.sty ei löydy. Aiemmin olin joutunut kovakoodaamaan .tex-tiedostoon Sweave.sty-tyylitiedoston polun, esim.

\usepackage{/Library/Frameworks/R.framework/Resources/share/texmf/Sweave}

Nyt löysin keinon välttää tämän: liitin .bash_profile-tiedostooni lauseen

export TEXINPUTS=.:/Library/Frameworks/R.framework
/Resources/share/texmf:$TEXINPUTS

Homma toimii kuin rasvattu!

Kannattaa oikeasti opetella Sweaven käyttö, jos kodaa R:ää. Katso muutama esimerkki Sweaven (linkki yllä) sivuilta.