R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

Paikalliset pakettikirjastot – esimerkki SURVO R:stä

Survo on tekstin ja numeerisen tiedon käyttöympäristö. Survon uusin inkarnaatio on SURVO M (Muste). Survo R on oikeastaan pakettikokoelma, joka asennetaan erillisestä pakettikirjastosta. Asennusohje pyytää ajamaan seuraavan komennon:

source("http://www.survo.fi/install.R")

Jos työskentelee organisaatiossa, jossa paketteja ei voi noutaa suoraan internetistä, tulee asennuksessa helposti vastaan ongelmia. Tiedän useita organisaatioita, joilla on oma, paikallinen pakettikirjasto, josta asennukset tehdään. Survon asennuspaketit voidaan kopioida tällaiseen paikalliseen kirjastoon, kunhan ne ensin saadaan ladattua Survon kirjastosta.

Yllä mainitun asennusskriptin sisältö on seuraava:

install.packages("automuste",repos="http://www.survo.fi")
library(automuste)

Käytännössä asennuskomento siis asentaa automuste -paketin, ja ottaa sen käyttöön. Ensimmäisenä ongelmana on siis löytää tuo automuste-paketti.

Koska kirjaston osoite on ”http://www.survo.fi”, saadaan R:ssä sen pakettitiedostot sisältävän kansion polku selville seuraavasti:

contrib.url("http://www.survo.fi")
 
[1] "http://www.survo.fi/src/contrib"

Käyttämällä pakettikirjaston polkua saadaan selville kirjastossa olevat paketit:

a<-available.packages("http://www.survo.fi/src/contrib")

Nyt objektissa a on data frame, joka sisältää tietoja kirjaston paketeista. Objektin käytetään pakettien nimiä.

Kaikki kirjaston paketit (lähdekoodit ja Windows-binäärit) voidaan ladata R:stä käsin nykyiseen R:n työhakemistoon komennolla:

download.packages(rownames(a), repos="http://www.survo.fi/", destdir=".", type="source")
download.packages(rownames(a), repos="http://www.survo.fi/", destdir=".", type="win.binary")

Työhakemistosta paketit voidaan tietysti asentaa tavanomaiseen tapaan esimerkiksi Packages-valikon toiminnolla Install Package(s) from Local Files….

Jos halutaan perustaa organisaation sisäinen mini-CRAN, josta paketit asennetaan, onnistuu sellaisen perustaminen kätevästi miniCRAN-paketilla. Kaikki SURVO R:n pakettikirjaston lähdekoodi- ja Windows-binääri-paketit voidaan asentaa miniCRAN-kirjastoon seuraavasti:

library("miniCRAN")
repo <- "http://www.survo.fi"                  # Lähdepakettikirjasto
path <- "C:\\Users\\Acer\\Desktop\\miniCRAN"   # Kohdepakettikirjaston polku levyjärjestelmässä
 
makeRepo(available.packages(contrib.url(repo)), path=path, repos=repo, type=c("source", "win.binary"))

Tämän jälkeen paketteja voidaan asentaa R:ään normaaliin tapaan, mutta käyttämällä kirjastona paikallisessa levyjärjestelmässä sijaitsevaa pakettikirjaston kopiota. Esimerkiksi muste-paketti voidaan asentaa edellä muodostetusta pakettikirjastosta seuraavasti:

install.packages("muste", repos = paste0("file:///", path), type = "win.binary")

Paketin miniCRAN vignetissä on lisätietoja muun muassa uusien pakettien lisäämisestä jo olemassa olevaan pakettikijastoon.


Category