R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

joulukuu, 2010

Spearman-Kärber -menetelmä LD50:n laskemiseksi

Toksisuuskokeilla voidaan pyrkiä määrittämään esimerkiksi jonkin yhdisteen pitoisuus, jolla 50% sitä saaneista koe-eliöistä menehtyy. Tätä pitoisuutta kutsutaan LD50:ksi (lethal dose). LD50:n määrittämiseen koko joukko erilaisia menetelmiä, kuten probit-menetelmä. Probit-menetelmä voidaan toteuttaa R:ssä käyttäen yleistettyä lineaarista mallia. R:stä ei kuitenkaan tunnu löytyvän toteutusta Spearmanin ja Kärberin menetelmälle, joka ei tee suuria oletuksia annosvastekäyrän muodosta. Niinpä toteutin […]

Posted in Aiheeton | No Comments »

droplevels()

Kirjoitin kaksi vuotta sitten esimerkin, että miten data.frame-objektista voi tiputtaa käyttämättömien faktorien tasot pois. Nyt R:n uusimmassa versiossa 2.12 tulee mukana funktio droplevels, jolla tämän saman operaation voi tehdä suoraan. #Tehdään taulukko eli data.frame DF <- data.frame(x = factor(rep(1:5, length.out=50)), y = factor(rep(1:2, length.out=50)), z= rnorm(50))   #Katostaan, että mitä se sisältää str(DF)   #Rajataan […]

Posted in R-ohjelmointi, Skriptit | No Comments »