R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

syyskuu, 2009

Color Oracle

Esitystä ja kuvia tehdessä ei useinkaan varmaan tule mieleen, että yleisössä saattaa istua puna-virher-värisokeita ihmisiä. Tämän johdosta on suositeltavaa miettiä kuvien väriskaalaa. Törmäsin netissä sovellukseen, joka on apuna värejä valitessa. Linkki Corol Oracleen.

Posted in Muu ohjelmointi | No Comments »

Sweaven käyttö

Käytän kohtalaisen runsaasti Sweavea tuottamaan toistettavaa tilastollista analyysia. Etuna on se, että Sweave upottaa R-koodin ja tulostuksen suoraan Latex-dokumenttiin. Tämän jälkeen Latex-dokumentin voi kääntää pdf:ksi ja julkaisu on valmis. Jos analyysia tai lähtöaineistoa tarvitsee muuttaa, ei muuta kun muutokset koodin ja parin napin painallusta ja pdf-tiedosto on päivitetty. Tämä nopeuttaa julkaisukelpoisten dokumenttien tuottamista todella paljon […]

Posted in R-ohjelmointi, Skriptit | No Comments »

Kuvavertailuja, histogrammi

Kirjoitin viikko sitten boxplot-kuvien tekemisestä R:n eri grafiikkamoottoreilla. Vastaava vertailu löytyy histogrammin osalta blogista Getting Genetics Done. Jatkoa ilmeisesti seuraa, tämä postaus oli osa yksi.

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

wget

Mac OS X ei sisällä kätevää komentoriviohjelmaa nimeltään wget, jolla saa haettua dataa verkosta (esim. nettisivuja, tiedostoja etc.) kätevästi. Mac sisältää samaan tarkoitukseen ohjelman curl, mutta sillä ei voi hakea dataa rekursiivisesti. Installoin wget:n Snow Leopardille (Mac OS X 10.6.1) seuraavasti: 1. Hain wget.zip tiedoston koneelleni 2. Unzippasin sen 3. Ajoin wget-folderissa seuraavat komennot sudo cp […]

Posted in Muu ohjelmointi | No Comments »

Boxplot-kuvien tekeminen R:llä

Usein aineiston jakauman tarkasteluun suositellaan boxplot-kuvaajaa. Ohessa kolme esimerkkiä, miten kyseisen kuvaajan voi R:llä piirtää. Ensimmäinen on toteutettu ns. base-grafiikalla, eli R:n perinteisellä grafiikkamoottorilla, toinen lattice-paketilla ja kolmas ggplot2-grafiikalla. #Selitteet mainhead <- "Boxplot-esimerkki" color <- "magenta" ylabel <- "count" xlabel <- "spray"   #——————— base graphic- boxplot ——————- #png("boxplot_base.png", width=600, height=600) boxplot(count ~ spray, data […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi, Skriptit | No Comments »

R ja dpaste

dpaste.com on kävetä nettisaitti, jonne voi copy-pastettaa esim. teksimuotoisia taulukoita jakaakseen sitä eteenpäin verkossa. Kokeilin palvelua siten, että otin R:stä ulos yhden sisäänrakennetuista datoista ja copy-pastetin sen dpasteen. Tämän jälkeen kokeilin datan käyttämistä seuraavalla R-koodilla: #Ladataan kirjasto library(gregmisc)   #Haetaan data dpaste:ta im <- read.csv("http://dpaste.com/88628/plain/", sep=",", header=T)   #Lasketaan im.res <- do.call("rbind", tapply(im$conc, list(im$Subject), ci)) […]

Posted in R-ohjelmointi, Skriptit | No Comments »

R:ää opiskelijoille

Stephen J. Eglen on julkaissut PLoS-lehdessä kokemuksiaan R-kielen opettamisesta laskennallisen biologian opiskelijoille. Kannattaa tutustua.

Posted in R-ohjelmointi, Yleistä | No Comments »