R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

maaliskuu, 2009

IDE R:lle

Kaupallinen yritys Inference for R on kehittänyt R:lle oman kehitysympäristön, R’s Premiere IDE:n. En ole kyseistä sovellusta testannut mutta se vaikuttaa ihan mielenkiintoiselta. Kannattaa tsekata tuotteen esittelyvideo. Etenkin R-koodin upottaminen Word-dokumentteihin ja Powerpoint-esityksiin kuulostaa lupaavalta. Tähän asti olen pärjännyt R-Sweave-Latex-kombinaatiolla, mutta R:n integroiminen Office-sovelluksiin olisi mainio lisä R-käyttäjän työkalupakkiin. Saa nähdä miten R-käyttäjät ottavat tuotteen […]

Posted in R-ohjelmointi, Yleistä | 2 Comments »

Kuvan koostaminen osakuvista: ImageMagick

Edellisessä viestissä kirjoitin useiden kuvien koostamisesta samaan kuva-alueeseen layout-funktiolla ja par-funktion mfrow/mfcol-parametreilla. Tämä sama voidaan tehdään myös käyttäen ImageMagick-ohjelmaa. ImageMagick tulee asentaa koneelle ennen ao. skriptin ajamista. #Esimerkkikuvat otettu ?matplot ja skritpi testattu MacOS:lla #Tehdään ensimmäinen kuva   png("kuva1.png", width=400, height=400) sines <- outer(1:20, 1:4, function(x, y) sin(x / 20 * pi * y)) matplot(sines, […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi, Skriptit | No Comments »

Useamman osakuvan piirtäminen samaan kuva-alueeseen

R:n perusgrafiikassa useita kuvia voidaan laittaa samaan kuva-alueeseen par-funktion mfrow- tai mfcol-parametrilla tai layout-funktiolla. Ohessa muutama esimerkki tästä. #Kuvat vierekkäin par(mar=c(2,2,2,2), mfrow=c(1,4)) for (i in 1:4) plot(rnorm(60), col=i)   #Kuvat päällekkäin par(mar=c(2,2,2,2), mfcol=c(4,1)) for (i in 1:4) plot(rnorm(60), col=i)   #Neljä osakuvaa samaan kuvaan par(mar=c(2,2,2,2), mfrow=c(2,2)) for (i in 1:4) plot(rnorm(60), col=i)   #Useita kuvia […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi, Skriptit | 1 Comment »

Uniikit arvot vektorista

Joskus tulee tilanne, jollon tarvitsee erottaa vektorista uniikit arvot. Alla esimerkki miten se onnistuu muutamalla eri tavalla: Vec <- c(1:100,1:10)   #1. tapa Vec[! duplicated(Vec) & ! duplicated(Vec, fromLast=TRUE)]   #2. tapa Vec[rowSums(outer(Vec, Vec, "=="))==1]   #3. tapa, ehkä selkein setdiff(Vec, Vec[duplicated(Vec)])Vec <- c(1:100,1:10) #1. tapa Vec[! duplicated(Vec) & ! duplicated(Vec, fromLast=TRUE)] #2. tapa Vec[rowSums(outer(Vec, […]

Posted in R-ohjelmointi, Skriptit | 2 Comments »

Miten valitsen oikean kaaviotyypin?

Kirjoitin aiemmin tilastollisen kuvion valinnasta. Nyt kyseinen kaaviokuva on suomennettu.

Posted in Muu ohjelmointi, Yleistä | No Comments »

CSC:n kurssi Microarray-datan analysoinnista

Tiedoksi, että CSC eli tieteen tietotekniikan keskus on järjestämässä kurssia DNA ekspressiodatan analysoinnnista R/Bioconductorilla.

Posted in BioConductor, R-ohjelmointi | No Comments »

Perl (Mac): moduulien asennus

Minulla oli ongelma uusien moduulien asennuksessa uuteen Mac-kannettavaani. Jostain syystä cpan ei asentanut moduuleja oikein. Selvitin asiaa ja tajusin, että minulla ei ollut XCode:a ja gcc:ta installoituna. Nämä siis tulee asentaa ennen kuin cpan voi toimia oikein. Gcc:n olemassaolon voi tarkistaa kirjoittamalla terminaalissa: which gccwhich gcc Tarkistin myös, että make oli installoitu: which makewhich make […]

Posted in Muu ohjelmointi | No Comments »

R ja tähtitiede

R:ää käytetään paljon myös tilastotieteen ulkopuolelle analyysityökaluna. Biologia ja lääketiede käyttävät paljon R:ää mutta myös monet muut alat, kuten ekonometria ja esim. muusiikin tutkimus. Myös ns. kovat luonnontieteet ovat myös ottaneet R:n hyvin vastaan, viimeisimpänä on silmään sattunut tähtitiede ja R.

Posted in R-ohjelmointi | No Comments »