R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

BioConductor

Uusien annotaatiopakettien luominen AnnotationDbi:n työkaluilla

DNA-siruaineistojen analysoimiseen R:ssä voidaan käyttää Bioconductor-projektin tuottamia lajennuspaketteja. Monet normalisointia monimutkaisemmat analyysivaiheet vaativat tueksi annotaatiopaketin, joka yhdistää sirulla olevat koettimet muun muassa niiden kohdegeenien toiminnalliseen kuvaukseen. Bioconductor-projekti tuottaa annotaatiopaketteja yleisimmille siruille, ja ne löytyvät projektin sivuilta metadata- tai AnnotationData-nimellä. Kaikille markkinoilla oleville siruille annotaatiopaketteja ei projektin sivuilta kuitenkaan löydy, ja niinpä uusia annotaatiopaketteja voi olla […]

Posted in BioConductor | 2 Comments »

Gene Expression Omnibus (GEO) ja GEOmetadb

Bob O’Hara pyysi jo pari vuotta sitten blogissaan Deep Thoughts and Silliness selvittämään GEO-tietokannan eksperimenttien koot. GEO-tietokantaan on tallennettu DNA-sirukokeiden tuloksia. Bioconductorin laajennuspaketilla GEOmetadb eksperimenttien kokojen selvittäminen käy äkkiä. Aiempaan 10% otokseen GEO:sta perustuva arvioni siitä, että 90% eksperimenteista koostuu alle 50 DNA-sirusta piti näemmä aika tarkalleen paikkansa: koko tietokannan perusteella 89,4% eksperimenteistä on kooltaan […]

Posted in BioConductor | Kommentit pois päältä artikkelissa Gene Expression Omnibus (GEO) ja GEOmetadb

Omegahat

R-projekti on tuottanut muutamia oheisprojekteja ympärilleen, kuten esimerkiksi Bioconductorin. Toinen vastaavan tyyppinen oheisprojekti on vuonna 1998 pystyyn polkaistu Omegahat (Omega), jonka tarkoituksena on lyhyesti sanottuna tarjota R-käyttäjille rajapintoja eri ohjelmointikieliin ja ”käyttöliittymiin”. Omegahatin sivuilta: ”Omega is a joint project with the goal of providing a variety of open-source software for statistical applications. The Omega project […]

Posted in BioConductor, R-ohjelmointi | Kommentit pois päältä artikkelissa Omegahat