R-ohjelmointi.org

Tilastotieteellistä ohjelmointia R-kielellä

Grafiikka

Laajennuspaketti drc: EC50-arvon määrittäminen

Effective concentration 50% (EC50)-arvolla mitataan esimerkiksi lääkeaineiden vaikutusta. EC50-arvo on lääkeaineen konsentraatio, jolla saadaan aikaan puolet vaikutuksen maksimiarvosta. EC50-arvon lähisukulainen on effective dose (ED50), joka taas vastaa konsentraatiota, jolla saadaan vaste 50 %:ssa altistetuista kohteista, esimerkiksi potilaista. Yleensä ED50-arvoa käytetään hyödyllisistä, tavoitelluista terapeuttisista vaikutuksista. Jos tutkitaan aineiden myrkyllisyyksiä, käytetään arvoa LD50, joka vastaa konsentraatiota, jossa […]

Tags: ,

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Simppeli ”tankkipeli”

R-bloggers -aggregaattorissa oli postaus parabolisen ballistisen yhtälön ratkaisemisesta R:llä. Se muistutti mieleeni nostalgiset hetket tietokonepelien Gorillas ja Scorched Earth parissa. Pakkohan se oli kokeilla, miten vaikeaa tuollaisen pelin tekeminen R:llä olisi! Pelin koodi on Githubissa, ja tarvittavat funktiot voidaan noutaa suoraan sieltä: library(RCurl) script <- getURL("https://raw.githubusercontent.com/jtuimala/Rtanks/master/Rtanks3.R", ssl.verifypeer = FALSE) eval(parse(text = script)) Tämän jälkeen peli […]

Tags:

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Suuri veropäivä – osa 2: Power BI -raportti vuoden 2014 julkisista verotiedoista

Julkaistaanpa Suuren veropäivän kunniaksi tässä vielä julkisista verotilastoista laadittu interaktiivinen Power BI -raportti. Raportin tuottoon tarvittava aineisto on haettu PXWeb-rajapinnasta seuraavalla R-koodilla: ################## # Perusasetukset ##################   # Ladataan paketit library(pxweb) library(reshape2)   # Päivitetään API:t update_pxweb_apis() api_catalogue()   # Luetaan dataa # Tällä saa tarvittavat koodit toistamista varten d <- interactive_pxweb("vero")     #################### […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi, Yleistä | No Comments »

Suuri veropäivä

Tänään on Suuri veropäivä: Verohallinto on julkaissut henkilöverotuksen avoimia tietoja verovuodelta 2015 tiedotusvälineiden käyttöön. Tilastokeskus julkaisi vuoden 2015 palkkatilaston noin kuukautta aiemmin. Katsahdetaanpa näin veropäivän kunniaksi tilastojen eroihin. Tilastokeskuksen palkkatilastoon on sisällytetty vain kokoaikaiset palkansaajat (yli 90 % alan normaalista). Palkkatilastossa mainittuihin ansioihin ei sisälly lomarahoja. Verohallinnon verotilastoon on sisällytetty kaikki verovelvolliset. Palkkatilaston perusteella ei […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Riskin visualisointi: esimerkkinä rokotukset

Kirjoitin jo aiemmin riskien visualisoinnista luonnollisia frekvenssejä käyttäen. Ylen Prisma Studion Näkökulmassa oli vastikään artikkeli, josta sain aiheen palata tällaiseen visualisointiin uudelleen. Artikkelissa nimittäin havainnollistetaan rokottamiseen ja rokottamatta jättämiseen liittyviä riskejä vertaamalla niiden suuruuksia noppapeliin. Riskien suuruuksien hahmottamisessa riskiteatteri voisi kuitenkin olla hyödyllinen lisätyökalu. Esimerkiksi todennäköisyyttä saada tuhkarokkorokotteesta verihiutaleniukkuus (trombosytopenia) kuvataan artikkelissa seuraavasti: ”Toisella kierroksella […]

Posted in Grafiikka | Kommentit pois päältä artikkelissa Riskin visualisointi: esimerkkinä rokotukset

Biodiversiteettiä Suomessa

Global Biodiversity Information Facility (GBIF) on eräs eliölajiston monipuolisuus- ja levinneisyystietoa keräävistä kansainvälisistä yhteistyöhankkeista. Suomi on GBIF:n osallistunut toimintaan vuodesta 2001. Osallistuvissa maissa on kansallinen solmu, joka hoitaa lajistotiedon vaihtoa GBIF-projektin kanssa. Suomessa solmuna on Suomen lajitietokeskus (laji.fi). Lajitietokeskuksella on puolestaan omia kansallisia yhteistyökumppaneita, joiden keräämän lähdeaineiston varaan mm. laji.fi:täkin rakennetaan. Laji.fi ei vielä tarjoa […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Preattentiivinen prosessointi ja sen hyödyntäminen datan visualisoinnissa

Ihmisen näköaisti Tilastollisten kaavioiden laatimiseen on tiettyjä hyväksi havaittuja pääsääntöjä, jotka perustuvat tieteellisiin tutkimuksiin ihmisen näköaistista ja näköhavaintojen tulkintaan liittyvistä neurologisista prosesseista. Tiedon visualisointi onkin arvostettu ja pitkän historian omaava tieteenala. Ihmisen näköaistin toimintaa koskeva feature integration theory (Treisman, 1998) postuloi, että näköaistimukset analysoidaan kahdessa vaiheessa: 1) preattentiivisessa vaiheessa havaitaan yleisiä näkökentässä olevia peruspiirteitä, jotka […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Kuvakollaasi magick-paketilla

Jarno kirjoitti aiemmin kuvakollaasin tekemisestä EBImage-paketilla. EBImagen kuvankäsittelyominaisuudet eivät valitettavasti tyydytä kaikilta osin omia vaatimuksiani. Esimerkiksi kuvan pienentäminen paketin resize-funktiolla heikentää usein kuvan laatua merkittävästi. Onneksi kuvankäsittely R:ssä on ottanut hiljattain aimo askelen eteenpäin. Uusi magick-paketti tuo tunnetun ImageMagick-kirjaston laajat kuvankäsittelyominaisuudet R:n käyttöön ja tarjoaa mahdollisuuden tehdä kaiken vektoroidusti, eli vaikkapa koko hakemiston kuville kerralla. […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »

Missä aktiiviset tulivuoret sijaitsevat?

Eilisessä postauksessa sijoitin kartalle maanjäristyksiä. Tänään ovat vuorossa tulivuoret. Tsunami Laboratory jakelee listaa aktiivisista tulivuorista. Listan avulla maanpäälliset ja merenalaiset tulivuoret on helppo sijoittaa paikoilleen. Eilisen postauksen tapaan listaus voidaan hakea suoraan R:ään. Pienten aineiston muunnosten jälkeen voidaan piirtää maailman kartalle maanpäälliset tulivuoret punaisella ja merenalaiset sinisellä: library(XML) library(mapdata)   v<-readHTMLTable("http://tsun.sscc.ru/nh/volcano.php?iname=&country=&min_absh=-6200&max_absh=6885&min_relh=0&max_relh=8000&min_lat=-90&max_lat=90&min_lng=-180&max_lng=180&d%5B%5D=A&per_page=-1&search=Search+Database") v<-v[[4]]   v$lat<-as.numeric(as.character(v$Lat)) v$lon<-as.numeric(as.character(v$Long)) […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | 1 Comment »

Missä maa järisee?

Maanjäristyksiä esiintyy tunnetusti erityisesti mannerlaattojen yhtymäkohdissa ympäri maailmaa. Mutta miten ne sijoittuvat kartalle? Tarkastelin kouluajoilta perinnöksi jäänyttä kartastoani, eikä se varsinaisesti antanut asiasta riittävän hyvää kuvaa. Niinpä lähdin jälleen metsästämään dataa verkosta. Northern California Earthquake Data Center tarjoaa aineistoja maanjäristysten sijainneista, tapahtumahetkistä ja järistysten magnitudeista ilmaiseksi. Palvelusta ladatun aineiston perusteella on mahdollista sijoittaa maanjäristykset kartalle. […]

Posted in Grafiikka, R-ohjelmointi | No Comments »